自主創(chuàng)新能力不足是當前制約產(chǎn)業(yè)結構升級和發(fā)展方式轉變的瓶頸。主要表現(xiàn)為：一是很多關鍵核心技術受制于人，一些重要產(chǎn)業(yè)對外技術依存度過高。我國 100％的光纖制造設備、80％以上的集成電路制造設備和石化裝備、70％的數(shù)控機床是國外產(chǎn)品。在新興產(chǎn)業(yè)方面，半導體照明產(chǎn)業(yè)80%以上的大功率、高亮度LED芯片，太陽能光伏產(chǎn)業(yè)90%以上的硅提純技術等依賴進口。二是重引進、輕開發(fā)，重模仿、輕創(chuàng)新，難以擺脫重復引進困境。我國引進技術的消化吸收投入明顯偏低。2003年以前，大中型工業(yè)企業(yè)技術引進與消化吸收經(jīng)費之比在14：1以上；2004年以來逐步改善，但仍在4：1左右。三是國內(nèi)市場為本土技術創(chuàng)新提供的機會偏少。大部分高技術含量市場被國外企業(yè)占有，2002年~2008年，大中型工業(yè)企業(yè)引進國外技術的經(jīng)費是購買國內(nèi)技術的4.2倍，與日韓處在我國相同發(fā)展時期所采取的支持本土技術創(chuàng)新戰(zhàn)略差距太大。同時，中小企業(yè)普遍融資難。四是科技管理體制改革亟待深化。多頭管理和部門分割等“老大難”問題，導致科技資源效率低下、重復浪費，不利于創(chuàng)新能力提高。如在核電技術引進過程中，由于條塊分割、各自為陣，重復引進，反復陷入“引進—落后— 再引進”的困境；反觀高鐵，正是由于統(tǒng)一規(guī)劃，整合行業(yè)資源，對外發(fā)揮戰(zhàn)略買家優(yōu)勢，對內(nèi)統(tǒng)一組織消化吸收再創(chuàng)新，才取得了高鐵集成創(chuàng)新的成就。又如科研設施，國家、地方、社會近年來投巨資配置了大量的科研設施，甚至讓一些成果斐然的國外研究機構也羨慕不已，但其利用率十分低下。我國大型科研設施利用率僅 25%，遠低于發(fā)達國家的170%—200%，一些昂貴的設備臨近報廢期限尚未開封。
　　
　　導致這些現(xiàn)象的主要原因是：企業(yè)缺乏自主創(chuàng)新的動力和壓力。市場需求旺盛，資源、環(huán)境、勞動力成本低廉，企業(yè)缺乏自主創(chuàng)新的動力；在“先占市場”和“自主創(chuàng)新”之間，大多數(shù)企業(yè)無論是以追求效益為動機，還是因?qū)嶋H人力、財力制約，往往選擇前者，不愿承受創(chuàng)新的壓力。行政體制機制改革亟待深化。一方面，行政微觀干預過多，沒有發(fā)揮市場配置科技資源的基礎性作用；另一方面，對產(chǎn)業(yè)關鍵共性技術、科技資源整合、中小企業(yè)融資渠道等方面調(diào)控不足，沒有發(fā)揮行政應有的統(tǒng)籌作用。
　　
　　加快發(fā)展方式轉變，核心是依靠科技，重點是提高自主創(chuàng)新能力，關鍵是深化體制機制改革。為此建議：
　　
　　一是發(fā)揮自主創(chuàng)新舉國體制優(yōu)勢。對重大裝備、關鍵共性技術、戰(zhàn)略性產(chǎn)業(yè)的自主創(chuàng)新，要發(fā)揮“舉國體制”和“集中力量辦大事”的優(yōu)勢，破除部門分割，統(tǒng)一規(guī)劃、統(tǒng)一組織、協(xié)同配合，將有限的資源向戰(zhàn)略目標領域集中，以較快的速度實現(xiàn)重大突破；整合轉制科研院所及其他研究機構組建國家工程技術研究總院，提高產(chǎn)業(yè)關鍵共性技術創(chuàng)新能力。
　　
　　二是完善自主創(chuàng)新機制。加強宏觀調(diào)控，凝聚科技力量，挖掘潛力大、效益好且與國情和產(chǎn)業(yè)環(huán)境相匹配的關鍵共性技術，根據(jù)研發(fā)基礎和發(fā)展方向，制定技術引進的規(guī)劃和政策，統(tǒng)籌引進的內(nèi)容和總量，規(guī)范引進行為；建立技術引進為自主創(chuàng)新服務的制度，防止過度引進產(chǎn)生技術依賴，導致原有的研發(fā)能力和隊伍流失；改革對產(chǎn)業(yè)科技投入的方式。將政府投入轉化為貸款、可轉債、股權投入、產(chǎn)業(yè)科技投資基金等形式，委托第三方機構進行市場化運作；統(tǒng)籌構建政府與科研機構、高校、企業(yè)、金融、第三方機構之間緊密關聯(lián)、相互促進的創(chuàng)新體系，完善資源投入、項目管理、成果評價、市場反饋、利益分配等機制；逐步改變軍工科技體系封閉發(fā)展的狀態(tài)，加強軍民合作，寓軍于民。
　　
　　三是充分利用國內(nèi)市場。要毫不動搖并切實落實在產(chǎn)品采購上對自主創(chuàng)新產(chǎn)品優(yōu)先的措施；要打破壟斷、讓企業(yè)依靠自主創(chuàng)新在競爭中發(fā)展；要鼓勵本土企業(yè)根據(jù)國情選擇自主創(chuàng)新策略，借助高速成長的中國市場不斷提高水平，走出中國特色的主導技術路線。
　　
　　四是完善自主創(chuàng)新的資本市場。深化金融體制改革，加強資本市場基礎性制度建設；大力發(fā)展中小板和創(chuàng)業(yè)板，完善退出機制，支持優(yōu)質(zhì)創(chuàng)新型中小企業(yè)利用資本市場加快發(fā)展；鼓勵地方性中小銀行發(fā)展，探索建立地方資本市場，鼓勵符合國情的金融產(chǎn)品創(chuàng)新，促進民間資本為建設創(chuàng)新型國家服務。