這“五大工程”是：
　　
　　一是生活污染治理工程。我市以實施《三峽庫區(qū)及其上游水污染防治規(guī)劃》為契機，大力推進生活污水處理廠和生活垃圾處理項目建設(shè)。2008年底，全市生活污水處理率和生活垃圾處理無害化處理率分別超過72%和78%，其中三峽庫區(qū)已分別達到83%和92%。到今年年底，全市所有區(qū)縣的污水和垃圾處理項目都將建成并投入運行。
　　
　　二是工業(yè)污染治理和搬遷工程。結(jié)合三峽庫區(qū)淹沒企業(yè)的搬遷，對庫區(qū)1397家工業(yè)企業(yè)實施搬遷和結(jié)構(gòu)調(diào)整，保留389戶，其余1008戶實施破產(chǎn)關(guān)閉和資產(chǎn)重組。完成了納入《規(guī)劃》中的65個工業(yè)廢水治理項目，搬遷了重慶主城區(qū)范圍內(nèi)98家工業(yè)企業(yè)，開展了全市造紙、電鍍、電解錳、碳酸鍶等行業(yè)的專項整治，關(guān)閉了28家不能穩(wěn)定達標(biāo)的造紙企業(yè)、14家碳酸鍶企業(yè)、60多家小電鍍企業(yè)。
　　
　　三是“禁磷”工程。在全市范圍內(nèi)禁止銷售和使用含磷洗滌劑，通過“禁磷”每年減少進入水體的磷1800噸。
　　
　　四是庫底清理和漂浮物打撈工程。完成了四期庫底固體廢物清理、衛(wèi)生清理、建筑物清理和林木清理工作；開展了庫區(qū)漂浮物清理工作，清理打撈和轉(zhuǎn)運處置漂浮垃圾50余萬噸。
　　
　　五是次級河流水污染和船舶污染整治工程。主城區(qū)桃花溪流域綜合整治取得實效；清水溪綜合整治工程已取得階段性成果。梁灘河、桃花河、御臨河、澎溪河等整治工程正在開工建設(shè)或開展前期工作。推進船舶廢棄物集中處理和化學(xué)品運輸船舶洗艙基地建設(shè)，在主城、萬州、巫山等主要客運港區(qū)設(shè)置了固體垃圾接收站，庫區(qū)30馬力以上的運輸船舶均配備了油水分離設(shè)備和污油水儲存裝置，600多艘船舶安裝了一體化生化處理裝置。
　　
　　在推進“五大工程”的同時，加強環(huán)境監(jiān)察體系、環(huán)境安全應(yīng)急體系和庫區(qū)水環(huán)境監(jiān)測三大體系建設(shè)。系統(tǒng)地開展了長江、嘉陵江、烏江和84條重要次級河流、區(qū)縣及鄉(xiāng)鎮(zhèn)集中式飲用水源地水質(zhì)監(jiān)測、次級河流回水區(qū)“水華”預(yù)警及應(yīng)急監(jiān)測，在長江、嘉陵江、烏江、渠江、涪江建設(shè)了7個水質(zhì)自動監(jiān)測站。以 12369中心為基礎(chǔ)，建立環(huán)境應(yīng)急處置指揮平臺，構(gòu)建了應(yīng)急聯(lián)動網(wǎng)絡(luò)體系。
　　
　　與此同時，強化五項保障措施：強化環(huán)境法制建設(shè)，頒布了《重慶市環(huán)境保護條例》和《重慶長江三峽庫區(qū)流域水污染防治條例》，對環(huán)境違法行為制定了比國家層面的法律更嚴格的處罰規(guī)定；強化總量控制，實行了建設(shè)項目“批項目核總量”和“增一降一”審批制度，做到“增產(chǎn)不增污”或“增產(chǎn)減污”；強化建設(shè)項目環(huán)境管理，出臺了《重慶市工業(yè)項目環(huán)境準(zhǔn)入規(guī)定》，將污染物排放效率限值指標(biāo)作為項目準(zhǔn)入條件，對庫區(qū)新建工業(yè)項目的污染控制和環(huán)境風(fēng)險防范等提出了嚴格要求；強化投入，每年財政安排專項資金支持水環(huán)境保護項目建設(shè)，“十五”以來我市用于水環(huán)境保護的投入達到130億元以上；強化目標(biāo)考核責(zé)任制，形成齊抓共管的環(huán)保工作機制。
　　
　　通過這一系列舉措，庫區(qū)水質(zhì)保持穩(wěn)定并有所改善。2008年，長江、嘉陵江和烏江重慶段各監(jiān)測斷面水質(zhì)均滿足Ⅲ類水質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)，其中滿足Ⅰ、Ⅱ類水質(zhì)斷面比例占90.5%。國控飲用水源地和城鎮(zhèn)集中式飲用水源地水質(zhì)滿足水域功能要求的斷面比例均為100%，三峽工程175米試驗性蓄水后，“三江” 干流和集中式飲用水源地水質(zhì)保持穩(wěn)定。